はじめに これまでQSARの結果を可視化する方法を試してきました。 rkakamilan.hatenablog.com rkakamilan.hatenablog.com これらはそれぞれ視覚的になんとなく上手くモデルを説明できてそうに見えます。しかし、使う側からすると"なんとなく"では困ります。…

はじめに 以下の2回で補助図を用いた化合物の可視化を試してみました。今回は補助図描画をchainer-saliency の算出結果に適用してみます。 rkakamilan.hatenablog.com rkakamilan.hatenablog.com chainer-saliencyについて 以下の論文(1)をchainerで実装した…

遅くなりましたが創薬 (wet) Advent Calendar 2019 第20日目の記事です。とりとめのない雑文になってしまってますがご容赦下さい。 文献2より 医薬品開発において、化合物の新規性は非常に重要なトピックです。メディシナルケミストは創薬プロジェクトの中で…

はじめに 創薬 (dry) Advent Calendar 2019 第15日目の記事です。 前回は化合物を構成する原子ごとの重みを元に、原子ハイライト+ヒートマップ/棒グラフの補助図で可視化する方法を紹介しました。本記事ではその手法を機械学習に適用してみようと思います。 …

はじめに 創薬 (dry) Advent Calendar 2019 第13日目の記事です。 最近では機械学習の結果の解釈性に注目が集まっています。その中でケムインフォマティクスの世界でもモデルの予測解釈性を上げるために、判断の根拠となる部分構造を可視化する手法が検討さ…

この記事は 創薬 Advent Calendar 2017 - Adventar (#souyakuac2017 hashtag on Twitter)の第23日目の記事です． 背景 今年になって抗体以外のPD-1阻害剤のアプローチの特許が徐々に増えてきている様子なので，フリーで可能な範囲で少し調べてみた経緯を紹介…

この記事は 創薬 Advent Calendar 2017 - Adventar (#souyakuac2017 hashtag on Twitter）の第17日目の記事です．本日から2回に分けて創薬，特にメディシナルケミストと特許について概説したいと思います (知財部の専門ではないので用語の正確性に欠ける点は…